Мечеть была построена в 1908 году из красного и белого кирпича на левом берегу реки Терек.
Мечеть строилась в два этапа. В 1900 году уполномоченные от общества магометан-суннитов Владикавказа просили терское областное правление утвердить представленный проект строительства мечети на отведенной для этой цели городским управлением земле.
Первым этапом строительства мечети руководил владикавказский инженер-архитектор И.И. Богданов. К 1906 году по инициативе татарской диаспоры и силами суннитской общины, в которую входили татары (основная часть), кумыки, осетины и ингуши, было возведено основное здание мечети с небольшим сферическим куполом. Минареты будут возведены позже.
Газета «Приазовский край» сообщала, что строительство мечети обошлось в 80 тыс. рублей, из них более 50 тыс. внёс азербайджанский миллионер-нефтепромышленник, видный на Кавказе меценат Муртуза Мухтаров. Стать меценатом его подвигла любовь к осетинской девушке Лизе Тугановой.
В процессе строительства собранных средств стало не хватать. Пришлось искать спонсора. В это время по своим делам в Осетию прибыл нефтепромышленник Муртуза Мухтаров. Приехав в Беслан, он увидел человека, совершающего намаз. Им оказался генерал Хамби Туганов. Так они и познакомились.
Зная о местном гостеприимстве, нефтепромышленник не смог отклонить приглашение генерала. В доме Тугановых Муртуза впервые увидел старшую дочь хозяина — Луизу. Её утончённые черты, лёгкая улыбка и живой блеск в глазах мгновенно очаровали гостя. Девушке в ту пору исполнилось 19 лет — юная, полная энергии, она словно воплощала дух нового времени. Сам же Муртуза, умудрённый опытом 40‑летний нефтепромышленник, вдруг почувствовал, как давно забытое волнение охватывает его сердце.
Следующий этап строительства связан с Муртузой Мухтаровым.
Муртуза Мухтар оглы Мухтаров (1855–1920) — крупный бакинский нефтепромышленник и меценат.
Муртуза вероятнее всего, по просьбе своего тестя — генерал-майора Х.А. Туганова продолжил строительство мечети. Нефтепромышленник привлек к строительству архитектора из Баку И.Г. Плошко. Росписью интерьера и экстерьера мечети руководил приглашенный Мухтаровым известный чешский художник-монументалист Франц Долежаль.
Благодаря меценату с 1906 – 1908 гг. были возведены минареты, выполнено декоративное оформление фасадов, затем началась реконструкция купола: увеличение его высоты и изменение формы, на крыше появился парапет в виде ступенчатых зубцов и др.
Открытие мечети состоялось в 1908 году.
В 1934 году городской совет принял решение уничтожить суннитскую мечеть. Командир 25-й татарской роты 84-го кавалерийского полка Я.И. Беткенев отдал приказ своим подчинённым с оружием в руках встать на охрану мечети. Власти отступили, а мечети был дан статус памятника архитектуры. Затем мечеть была превращена в «антирелигиозный музей».
Постановлением Совета министров РСФСР от 30.08.1960 г. № 1327 здание мечети было взято под государственную охрану.
В 1996 году мечеть была передана Духовному управлению мусульман Северной Осетии. И в наши дни Суннитская мечеть служит местом молитвы и духовного единения мусульман. Она является важным культурным и туристическим объектом.